Manuel Inácio da Encarnação foi exposto na roda do município de Beja a 17 de Outubro de 1863 e baptizado condicionalmente no dia seguinte na igreja paroquial de Santiago de Beja, tendo como padrinhos Manuel Inácio Ramos e Maria da Encarnação. Iniciou a sua carreira como músico militar em 18 de Novembro de 1875, na Banda do Regimento de Infantaria 17 em Beja. Em 22 de Novembro de 1890 é promovido a Contramestre de Música e em 21 de Julho de 1898 a mestre de música. No seu livro Quadros Históricos da Vida Musical Portuguesa (1919) Manuel Ribeiro diz: "Foi um chefe de música muito distinto e apreciável compositor. Homem de espírito muito vivo e inteligente, muito sabedor da sua especialidade. Serviu muitos anos em Lisboa no Regimento de Infantaria 1."
Para além de inúmeras marchas e pasodobles, algumas obras de maior dimensão que se lhe conhecem são as fantasias Fête aux Champs, O Príncipe do Sol, Une Nuit en Village; as rapsódias Rapsódia de fados, Rapsódia de cantos populares do Algarve; as aberturas Rocha Dourada e Saudação, para além de algumas obras concertantes como Esménia - solo de cornetim ou a Fantasia de Requinta.
Dirigiu várias Bandas civis, Sociedade União Seixalense, Academia de Instrução e Recreio Familiar Almadense e Banda dos Bombeiros Voluntários de Santarém.
No nº 174 de 31 de Março de 1906, da revista A Arte Musical escreve "Foi agraciado com o diploma de Official da Academia Franceza o mestre de musica de caçadores 6, sr. Manoel Ignacio da Encarnação, a quem felicitamos pela mercê." Parece-nos que a designação do título honorífico com que foi agraciado não será a correcta. A Academie Française é uma instituição extremamente exclusiva da qual fazem parte apenas 34 membros de cada vez e os seus lugares são vitalícios. Desde a sua criação no final do séc. XIX, dela fizeram parte apenas 734 membros. Não se conhecem título honoríficos que esta tenha atribuído nem o nome de Encarnação se encontra na base de dados dos vencedores dos prémios literários e científicos que a Academie atribuiu até hoje. No assento militar de Encarnação está mencionada esta distinção mas designada como "palmas da academia" e é-lhe dada autorização para usar as respectivas insígnias na sua farda. Ora este pormenor, "palmas", leva-nos a concluir que Encarnação terá sido certamente agraciado com o Grau de Oficial da Ordre des Palmes Académiques, provavelmente atribuído na sequência da visita do presidente Émile Loubet a Portugal em Outubro de 1906, o que seria muito mais plausível dado o carácter desta distinção do que "Official da Academia Francesa".